تعد وكالة الكلية للشؤون التعليمية جزء من منظمومة كلية العلوم الطبية التطبيقية وتسعى لتحقيق رسالة وأهداف الكلية بصفة خاصة والتي تصب في تحقيق رسالة وأهداف الجامعة. وتهتم وكالة الكلية للشؤون التعليمية بجميع نواحي العملية التعليمية والأكاديمية بالكلية وتسعى لتوفير بئية تعليمية مثالية بما يحقق تجربة تعليمية متميزة لطلبة الكلية. وتتضمن مهام الوكالة الإشراف على سير الدراسة والاختبارات بالكلية ودعم ومتابعة عملية التوجيه والارشاد الطلابي والاشراف والتخطيط على الأنشطة الطلابية بالكلية. كما تعمل وكالة الكلية للشؤون التعليمية جاهدة على معالجة الاشكالات التعليمية التي قد تؤثر على التحصيل العلمي للطلبة وتسعى لبناء شخصية الطالب والطالبة بما يساهم في تخريج أجيال متميزة تخدم الوطن في المجالات الصحية. كما تتضمن مهام الوكالة الاشراف على تحديث المناهج والخطط الدراسية بما يتوائم مع رؤية الوطن وبما يتناغم مع أحدث المستجدات العلمية.